Protestantsko stanovsko šolo so odprli v Ljubljani leta 1563 kot enorazredno latinsko šolo. Dve leti kasneje je na Trubarjevo pobudo postal rektor Adam Bohorič (1566-1582), ki je v jeseni 1568 objavil prvi šolski red. Ta šolski red je - poleg poglavja o šolstvu v Trubarjevi Cerkovni ordningi iz leta 1564 - prvo ohranjeno pedagoško besedilo slovenskega pisca o ureditvi šol na slovenskih tleh. Svoje zamisli, da bi povzdignil šolo na stopnjo gimnazije, pa ni mogel uresničiti.

V letu 1575 je imela šola štiri razrede, predviden je bil tudi dodatni program, s katerim bi nadarjene dijake lahko pripravili za študij na univerzah. Tudi te Bohoričeve zamisli - na domačih tleh usposobiti absolvente za prehod na univerze in jim ponuditi celo nekaj univerzitetne snovi - tedaj še ni bilo mogoče uresničiti. Danes spominja doprsni kip Adama Bohoriča na prvo latinsko šolo na slovenskih tleh. Kip je vzidan v poslopje Kresije, ki stoji na mestu nekdanje stanovske šole.

Kar ni uspelo Adamu Bohoriču, je dosegel njegov naslednik doktor Nicodemus Frischlin, nekdanji profesor univerze v Tübingenu, ki ga je zamenjal leta 1582 na rektorskem mestu. Frischlin je izboljšal šolske prostore, predvsem pa je leta 1582 uvedel peti razred, ki so ga končno leta 1584 uradno potrdili tudi stanovski odborniki. Tisto leto je bilo v prvem razredu več kot petdeset učencev, v drugih štirih razredih prav toliko, torej skupaj sto učencev. Šolski pouk so imeli po tri ure dopoldne in tri popoldne, dvakrat na leto javne izpite. Šola je premogla največ šest učiteljev z rektorjem vred, namenjena je bila branju, pisanju, računanju in katekizmu. Bilo je dosti učenja na pamet in vaj v govorništvu. Bistveno je bilo obvladati grščino in predvsem latinščino z logiko in retoriko. Vrednost slovenščine je bila skromna, nekoliko večjo veljavo je imela nemščina. Ker sta leta 1584 v prvem razredu potekala dva različna učna programa z dvema učiteljema, je bilo z ostalimi štirimi razredi vred šest razredov, kar je že ustrezalo kriterijem gimnazije oziroma stopnji gimnazijskega pouka.

Adam Bohorič, 1520-1598

Kot je razvidno iz pisma škofu Tomažu Hrenu, je bilo leto pred razpustitvijo protestantske latinske šole v Ljubljani, ki je takrat štela okrog 7000 prebivalcev, le 5 odstotkov meščanstva katoliške vere. Zato je moralo poteči kar nekaj desetletij, preden so na slovenskih tleh izpeljali popolno rekatolizacijo.