Na pobudo cesarice Marije Terezije so dvorne komisije druga za drugo pripravljale novosti v izobraževalnem sistemu, ki naj bi koristile meščanstvu zaradi potreb po bolj izobraženem prebivalstvu ali pa prispevale k boljšemu delovanju države. Večina dobrih zamisli je ostala na papirju, čeprav so bile za tisti čas napredne in povsem upravičene.

Terezijanske reforme so bile za izobraževalni sistem monarhije enotne in so segle tudi v Slovenijo in imele navdušene zagovornike v Linhartu in Kumerdeju. Vendar je bil njun trud plodnejši pri postavitvi osnovnošolskega sistema. Ljubljanska gimnazija je še naprej ostala latinska šola, v kateri si je mesto izbojeval pouk deželne zgodovine in naravoslovja, čeprav bolj v obliki filozofskih razgovorov kot pravega poznavanja snovi.

Leta 1774 so razglasili splošno šolsko obveznost, leta 1775 so objavili "Leges Academicae", 5. januarja 1776 pa so z dvornim dektretom uvedli maturo, torej preizkus znanja, brez katerega se ni bilo mogoče vpisati na višješolske študije. "Archiducale Gymnasium Labacense" je bila še naprej sestavni del "Archiducalis Academia Labacensis", dokler ni bila ta odpravljena, potem ko so leta 1783 ukinili licejski teološki študij in dve leti pozneje še filozofskega.

Za sprejem v gimnazijo so uvedli izpit iz nemščine, kar je zahteval že omenjeni dekret iz leta 1776. Cesar Jožef II. pa je leta 1784 predpisal pri osnovnošolskem in licejskem pouku uporabo nemških knjig, kar je nedvomno vplivalo tudi na gimnazijski pouk. Ko je bil višješolski študij leta 1791 obnovljen, je postala gimnazija del liceja. Preimenovana v "Caesareo Regii Gymnasium" je bila sestavni del "Caesareo Regii Lyceum Labacense".

Leta 1776 so šestrazredni gimnazijski pouk skrčili na petrazrednega, leta 1806 pa se je na ljubljansko gimnazijo vrnil šestletni pouk, tokrat kot predmetni. Kljub vsem željam po posodobitvi pouka je gimnazija ostala latinska šola, ki je imela dobro polovico učnih ur v latinščini. Več truda je bil deležen višješolski študij, s katerim naj bi licej približali univerzi, toda prizadevanja so ostala brezuspešna.

V letih 1788-1790 so za šolske namene preuredili nekdanji frančiškanski samostan, ki je stal na današnjem Vodnikovem trgu. V tem poslopju, navadno imenovanem licej, je imela ljubljanska gimnazija svoj dom več kot sto let, do oktobra 1899. Potres v Ljubljani 1895. je poslopje poškodoval tako močno, da ga je bilo treba porušiti.

Poslopje liceja, kjer je imela gimnazija pouk od 1789 do 1899

Po francoski zasedbi je državna gimnazija v Ljubljani doživela korenite pretrese, čeprav so jo ti doleteli šele poldrugo leto pozneje in po ustanovitvi Ilirskih provinc ter trajali le nekaj let. Gimnazija so novembra 1810 preoblikovali po "Pravilniku o pouku in disciplini na gimnaziji v Ljubljani". Odlok o razporeditvi dijakov je kot direktor podpisal Valentin Vodnik. Gimnazija je bila tedaj sestavni del "Ecoles Centrales de Laybach", vanjo so vključili obrtno šolo in višješolske študije, ki so kljub odloku o ustanovitvi univerze v Ljubljani - podpisal ga je maršal Marmont - ostali na licejski ravni.

V prvem gramatičnem razredu so prvič v zgodovini šole poučevali v slovenskem jeziku. Devetim uram pouka v latinščini in francoščini - tudi v enakem obsegu - sta se pridružili dve uri zemljepisa in zgodovine. Italijanščina je bila neobvezen učni predmet. Dijaki vseh razredov so morali opraviti izpit iz francoščine, pa tudi iz latinščine. To je veljalo v letih 1812 in 1813 tudi za dijake retorike, ki so na tej stopnji končali gimnazijski pouk. Matematika je izginila iz učnega programa, v drugem razredu gimnazije je poučevanje potekalo v nemščini, francoščini in slovenščini. Z novimi učbeniki se je postopoma spreminjala tudi vsebina pouka, pri čemer je bilo močno čutiti francoski, za tedanje čase bolj svobodomiseln vpliv.

Šolsko leto 1813/14 je za šolo pomenilo vrnitev v prejšnje stanje, še predno so obrodili kakršnikoli sadovi francoskih reform. Latinsko usmerjena gimnazija ni v naslednjih letih doživela bistvenih novosti. Slovenščino je izrinila nemščina, znanje in tudi prizadevnost učnega osebja sta se znova poslabšala potem, ko so z reformo iz let 1818/19 odpravili predmetni pouk. V predmetniku, enotnem za vse šole v monarhiji, je dobra polovica učnih ur pripadla latinščini, po dve učni uri na teden grščini, matematiki, geografiji in zgodovini. Pouk je potekal v povprečju dve uri dopoldne in dve uri popoldne. Tudi nemščina ni bila samostojen učni predmet, temveč jezik, v katerem so poučevali druge predmete, če za to niso uporabljali latinščine. Do začetka štiridesetih let se v učnem načrtu ni kaj bistvenega spremenilo.

Od leta 1762 naprej je deželno glavarstvo objavljalo sezname učencev in v posebnih zvežčičih, imenovanih "Nomina in arena literaria victorum ...", tudi najboljše šolske uspehe. Ta letna poročila so preživela jezuitsko gimnazijo in v nespremenjeni obliki izhajala do leta 1776. Tedaj so "Nomina in arena literaria victorum ..." nadomestili tiskani zvežčiči z isto vsebino, vendar z naslovom "Nomina juvenum in Archiducalis Academiae Labacensis hunanioribus literis studeratium ex ordine classium, quas secundo anni scholastici semestri referri meruerunt", ki so izhajali do leta 1808.

V času Ilirskih provinc je bila javna objava imen in najboljših gimnazijcev kot priznanje njihovemu trudu in gimnaziji kot ugledni izobraževalni ustanovi zanemarjana. Pač pa so se v francoskem obdobju uveljavila spričevala za različna znanja, kar je v tistem času gimnazijcem pomagalo do različnih služb.

Po ponovni vzpostavitvi avstrijske monarhije so imena gimnazijcev predstavljali javnosti v tiskanih zvežčkih z naslovom "Juventus Caesarei Regii Gymnasii Labacensis e moribus et progressu in literis censa exeunte anno scholastico". Tako se je vrnil zunanji blišč, ki je spremljal vsakoletne podelitve nagrad najboljšim, ko so po končanem drugem humanističnem razredu zapuščali gimnazijo. Še vedno so zapisovali kraj, od koder je prišel gimnazijec, pa tudi njegovo deželno pripadnost. Javnosti je bilo sporočeno, kdo se ni izkazal v znanju in kdo je ponavljal razred. Tako je ostalo 76 let, do leta 1849.